Dans la Barcelone de l'après-guerre civile, "ville des prodiges" marquée par la défaite, la vie est difficile, les haines rôdent toujours. Par un matin brumeux de 1945, un homme emmène son petit garçon, Daniel Sempere, le narrateur, dans un lieu mystérieux du quartier gothique : le Cimetière des Livres Oubliés. L'enfant, qui rêve toujours de sa mère morte, est ainsi convié par son père, modeste boutiquier de livres d'occasion, à un étrange rituel qui se transmet de génération en génération : il doit y "adopter" un volume parmi des centaines de milliers. 
Là, il rencontre le livre qui va changer le cours de sa vie, le marquer à jamais et l'entraîner dans un labyrinthe d'aventures et de secrets "enterrés dans l'âme de la ville" : L'Ombre du Vent.