La conquête du Brésil par les Français est un des épisodes les plus extraordinaires et les plus méconnus de la Renaissance. Rouge Brésil raconte l'histoire de deux enfants, Just et Colombe, embarqués de force dans cette expédition pour servir d'interprètes auprès des tribus indiennes. Tout est démesuré dans cette aventure. Le cadre : la baie sauvage de Rio, encore livrée aux jungles et aux Indiens cannibales. 
Les personnages - et d'abord le chevalier de Villegagnon, chef de cette expédition, nostalgique des croisades, pétri de culture antique, précurseur de Cyrano ou de d'Artagnan. Les événements : le huis clos dramatique de cette France des Tropiques est une répétition générale, avec dix ans d'avance, des guerres de religion. Fourmillant de portraits, de paysages, d'action, Rouge Brésil, écrit dans une langue à l'ironie voltairienne, prend la forme d'un roman d'éducation et d'amour. 
Mais plus profondément, à travers les destins et les choix de Just et de Colombe, ce livre met en scène deux conceptions opposées de l'homme et de la nature. D'un côté, la civilisation européenne, conquérante et universelle, qui se veut libératrice et se découvre meurtrière. De l'autre, le monde indien, avec sa sensualité, son sens de l'harmonie et du sacré, le permament appel du bonheur...