Ateos clandestinos recoge diversos testimonios y pensamientos que se han conservado por escrito a pesar de la persecución y exterminio al que fueron sometidos sus autores. Un grupo de valientes pensadores europeos de la primera mitad del siglo XVIII pretendieron acabar, valiéndose únicamente de la fuerza de la razón, con el monopolio de siglos de oscurantismo religioso y político. Dejaron abierto así el camino de la Ilustración, cuyas ideas se popularizaron en la segunda mitad del Siglo de las Luces. Agustín Izquiero relaciona los escritos de diferentes pensadores clandestinos, muchos de ellos héroes solitarios incomunicados entre sí, ofreciéndonos una lúcida visión global de aquel periodo y aquella lucha que, a pesar de reciente brotes de integrismo religioso, ha triunfado en buena medida, extendiendo cada vez más la libertad de pensamiento, y una de sus consecuencias prácticas más destacable: la ciencia y el desarrollo tecnológico.