Presenta una visión de España en el momento de crisis total del final de la guerra civil en el siglo XIX. Es pues, una novela histórica, a pesar del tan pregonado antihistoricismo de Baroja, que describe un mundo del que el autor fue consciente de ser testigo último, un mundo que se transformaba y cambiaba y del que había que dejar memoria. La nave de los locos constituye también un texto técnico sobre la novela, y en su tiempo tuvo una gran repercusión al ser respuesta a los postulados que sobre este problema expuso José Ortega y Gasset en su libro Idea sobre la novela.