Año 1658. EL Inquisidor General aparece asesinado en su celda con un ejemplar del Quijote entre sus manos. Los asesinos buscaban el Speculum Cordis, el libro que encerraba el secreto mejor guardado de la Iglesia Católica y que Cervantes había conseguido salvar de la hoguera un siglo antes en Roma. El padre Alonso, médico jesuita a quien Felipe IV encarga resolver el crimen en secreto, arriesga su vida y sus convicciones en busca del libro prohibido. Todas las pistas apuntan a la Biblioteca del Santo Oficio y a varias obras literarias del Siglo de Oro español, en cuyo interior, antes de morir, el Inquisidor ha ido dejando claves cifradas.
Con un ágil trama de aventuras en donde las órdenes militares pugnan por la posesión del enigmático libro, El misterio Cervantes reta al lector a buscar señales ocultas en el Quijote.