Österreich 1938. Der zwölfjährige Bruno kehrt mit seiner Mutter aus den Sommerferien in seine Heimatstadt zurück. Da stoppt der Zug auf freier Strecke, und eine klare Lautsprecherstimme schallt durch den Raum: Alle Ausländer sowie Nichtchristen haben sich sofort registrieren zu lassen. Anzeichen des heraufziehenden Unheils sind überall. 
Nur Brunos Vater, ein gefeierter jüdisch-österreichischer Schriftsteller, sucht unermüdlich nach Erklärungen für das Unerklärliche. Alle Demütigungen schiebt er auf die Ostjuden. Als die früher so stille Kleinstadt sich immer deutlicher gegen sie wendet und sich die verleumderischen Angriffe auf sein Werk und seine Person verstärken, übernimmt er sogar grundlegend antisemitische Positionen und verlässt Frau und Sohn. Er bleibt nicht der einzige; auch vielen anderen erscheint ihr Judentum jetzt als Makel. Bald darauf ruft der Rabbi alle Juden der Kleinstadt in der Synagoge zusammen. Am nächsten Morgen steht der Viehzug bereit ...
Bruno überlebt. Drei Jahrzehnte später kehrt er aus Jerusalem in die Stadt seiner Kindheit zurück und wandelt auf den Spuren seines Vaters, auf der Suche nach seiner eigenen Vergangenheit.